任务：仓库根目录整理（文档入 docs/、调试脚本入 scripts/、删重复垃圾）

时间：2026-07-23 19:20 GMT+8

触发：用户指出文档不该堆在根目录，明确要求"文档都移动到 docs/、调试脚本放入 scripts/、明显没用的调试脚本包括重复的删除"。

执行结果

整理前

• 根目录 ~200+ 文件：30 个 .md 散落根目录、约 75 个 _.js/__.cjs/check_.js/debug-.js/test-.js 调试脚本、约 30 个 .err 错误日志 + 几十个 *.log 运行日志、多个重复启动脚本。

整理后

• 根目录收敛到 41 个核心文件：server.js、package.json、pnpm-lock.yaml、.env、.git、配置（config.yaml/js、ecosystem.config.js、vite/vitest/jest.config.）、SQL（mysql-init.sql、user and user_api_keys and user_roles.sql）、前端资产（index.html、ai-showcase.html、plm-rules-manager.html、test-procurement.html、screenshot-main-page.png）、启动/部署脚本（start.bat/ps1/py、run-server.bat、build-release.、deploy_test_framework.）、bossagents.db、health-report.json、pps-itemtypes-result.json。
• 文档 → docs/（*.md 全部移入，重名时按内容哈希判定：相同则删源、不同则加 -root 后缀；本次产生 scripts/check-db-root.js 一个冲突保留）。
• 调试脚本 → scripts/（.js/.cjs/.mjs/.ps1/.py/.sh/.bat 等；.log 日志误移后与 *.err 一并删除，不入 scripts）。
• 删除：全部 .err 错误日志、__all3.cjs/__c1.cjs/__parse_test.cjs/__resume_t2.cjs/__staff_test.cjs/__stock_.cjs/__trace_audit.cjs/_build.cjs/_build.cmd/fix_exec_lang2.js/fix_exec_lang3.js/convert-cjs-to-esm.mjs/console.log('T/test-download*.bin/sciot_import.db.backup_20260602/debug-create-fail.json/test_no_mtclaw.json/trace_audit.json（明确垃圾）；根目录 package-lock.json 因项目用 pnpm 也删除。
• 去重：修改检查报告.md 与 docs/修改检查报告.md 内容相同 → 删除根目录版；六能力闭环落实记录_2026-07-12.md 同 → 删除根目录版。

提交

• 4e84c011 chore: 仓库根目录整理——文档移入docs/、调试脚本移入scripts/、删除重复调试垃圾（78 files changed, +8691 -5970）

未动项（用户需拍板）

• server.js / server/boss-scheduler/lite-scheduler.js(+47) / server/digital-staff/smart-llm-router.js(+2) 三个 pre-existing 工作树改动未纳入本次整理，未提交（避免盲目提交未知改动）。
• 根目录未跟踪交付物保留：.trae-html-share-packages/digital-staff-audit/、server/public/demo/。
• scripts/ 现 574 文件含软著生成器 _*.cjs（属 docs/software-copyright/ 域），量级较大但分类正确，未进一步筛。

复盘

• 自己创建的碎片文档（task_*.md）此前误放根目录，本次已随整理移入 docs/（rule-engine-cleanup-audit_20260723.md）。
• PowerShell 对含中文注释/长数组字面量的 .ps1 文件存在解析 bug，后改用 git add 递归 + 精确清单方式绕过。
• 教训：文档/脚本默认应进 docs/ 与 scripts/，不应裸放根目录。